Cerita berawal dari Miles yang ikut pamannya untuk membuat suatu grafiti tepatnya di sebuah tempat tersembunyi, hingga disitulah Miles mendapat gigitan dari laba-laba radioaktif.
Mungkin saat Anda menyaksikan filmnya akan anda jumpai beberapa plot cerita yang agak berbeda dengan komik.
Walaupun kisahnya sama-sama menggambarkan anomali Miles Morales yang menjadi Spiderman.
Menurut komik rupanya Dr Conrad markus yang merupakan seorang ilmuan Oscorp berhasil menggunakan darah Peter Parker.
Darah ini digunakan untuk menjadikan Peter berubah wujud menyerupai laba-laba dengan kekuatan luar biasa.
Sayangnya formula yang dapat mengubah orang menjadi Spiderman ini kemudian dicuri oleh Prowler dan ia menyimpan formula tersebut dengan sangat baik di tasnya.
Prowler yang juga dikenal sebagai Aaron Davis merupakan paman dari Miles.
Hal ini berujung sebagai sesuatu yang tak wajar jika di suatu hari Miles menemui pamannya ini dan mengikutinya kemana saja.
Saat Miles sedang mengikuti pamannya inilah maka secara tak sengaja laba-laba yang sudah mendapatkan formula khusus berupa darah Peter Parker menggigit tangan Miles.