3 tahun setelah film pertamanya, Moana (Auliʻi Cravalho) terus berusaha mencari penghuni pulau lain yang masih tercerai-berai.
Dalam investigasinya, Moana menemukan bukti peradaban masa lalu, serta penerawangan dari leluhurnya, Tautai Vasa (Gerald Ramsey).
Menurut Vasa, dahulu dewa Nalo menenggelamkan pulau Motufetu yang menjadi titik terhubungnya berbagai pulau di dunia.
Dengan ancaman besar jika Motufetu tidak ditemukan kembali, Moana berlayar mencari pulau itu bersama Moni (Hualālai Chung), Loto (Rose Matafeo), dan Kele (David Fane).
Sementara itu, sahabat Moana dan demigod Maui (Dwayne Johnson) tengah menjalani agendanya sendiri dengan menghadapi Matangi (Awhimai Fraser), kaki tangan Nalo.
Bagaimana jalan Moana dan Maui bersilangan, serta dimanakah letak pulau Motufetu berada?