Hwayi: A Monster Boy menceritakan tentang seorang bayi yang diculik dari sebuah aksi pemerasan lima orang kriminal. Aksi tersebut sayangnya gagal dan bayi tersebut menjadi satu-satunya hal yang mereka bawa.
Empat belas tahun kemudian, bayi tersebut kini bernama Hwa-yi. Mempunyai 5 kriminal sebagai ayah, membuat dirinya mempelajari semua kemampuan mereka.
Kelima kriminal ini adalah Seok-tae, sang pemimpin yang karismatik namun dingin; Ki-tae, ahli kendaraan yang gagap; Jin-seong, sang perencana; Beom-soo, penembak jitu; dan Dong-beom, ahli bela diri.
Suatu hari, Hwa-yi menjalani aksi kriminal perdananya bersama kelima ayah angkatnya. Semua berjalan lancar meski terjadi pertikaian.
Saat pertikaian tersebut terjadi, Hwa-yi menembakkan pistol miliknya untuk membunuh seseorang untuk pertama kalinya. Pada tembakan pertama dirinya bergetar dan tidak bisa memegang pistol dengan baik. Namun pada tembakan selanjutnya, hasil didikan ayahnya terlihat dengan jelas.
Setelah berhasil membunuh seorang pria, dia menemukan sebuah foto berisi pria yang ia bunuh dengan seorang anak. Dari foto tersebut, dia mempertanyakan banyak hal tentang masa lalunya.
Setelah diselidiki, pria yang dia bunuh adalah ayah kandungnya dan Hwa-yi, menyesali perbuatannya, merencanakan balas dendam kepada kelima ayah angkatnya.
