Girls’ Frontline 2: Exilium mengambil setting 12 tahun sejak GFL pertama, tepatnya di Eropa Timur tahun 2074. Kondisi dunia di GFL2 telah berubah sejak game pertamanya.
Union of Rossartrist Nations Coalition (URNC) bangkit dan mengasimilasi Neo-Soviet Union. Mereka juga mengerdilkan kapasitas PMC seperti Griffin & Kryuger.
Komandan dari GFL pertama telah mengundurkan diri dari G&K setelah berselisih pendapat dengan Griffin Lyons alias Earl, pendiri G&K dan simpatisan Rossartrisme.
Kini, ia memimpin sebuah pasukan bayaran yang berkelana di dalam area kontaminasi ELID yang berbahaya, mengendarai MCV raksasa bernama Elmo.
Ditemani ajudan dan mekanik Meiling, serta T-Doll Groza, Nemesis, dan Krolik, sang komandan mengambil pekerjaan serabutan dari berbagai pihak.
Namun, sebuah misi dengan bayaran yang sangat tinggi menarik komandan ke dalam pusaran konspirasi yang berhubungan dengan sebuah kotak misterius.
Komandan yang menjauh dari hingar-bingar konflik, kembali terjun ke dalamnya; bertemu dengan banyak kawan dan lawan baru serta lama dalam perjalanannya.