Alkimia awalnya merupakan sebuah ilmu untuk menciptakan emas dari beragam zat. Kini, alkimia dilakukan secara rahasia untuk menciptakan makhluk yang disebut Chemy.
Chemy didesain menyerupai makhluk atau benda yang ada di dunia nyata, seperti hewan dan kendaraan. Chemy bersemayam di dalam kartu Ride Chemy Card.
Karena satu dan lain hal, para Chemy yang ada di dalam Ride Chemy Card terbebas dan berkeliaran di alam liar. Seseorang harus mengembalikan para Chemy ke tempat asalnya.
Tugas itu jatuh kepada Hotaro Ichinose, seorang anak SMA yang dipersenjatai Gotchardriver untuk berubah menjadi Kamen Rider Gotchard.
Dalam aksinya, Hotaro berkenalan dengan para Chemy dan memahami sifat mereka. Ada Chemy yang baik, dan ada pula yang jahat.
Bisakah Hotaro mengumpulkan semua Chemy dan memanfaatkan kekuatan mereka untuk tujuan yang baik?