Meskipun Miyamoto tidak berperan cukup banyak di dalam proses pengembangan Super Mario Bros. Wonder, tapi dirinya sering datang dan menyaksikan prosesnya.
Tezuka Takashi, sutradara dari game ini mengatakan kalau sesekali, Miyamoto akan hadir untuk berkomentar terkait hal-hal yang sedang dalam proses.
Salah satu hal yang dikomentari oleh Miyamoto adalah ketika ia melihat desain tentatif dari Mario versi gajah.
Meskipun tim pengembang awalnya sudah memiliki rencana untuk memperbaiki tampilannya, Miyamoto tetap memberikan komentar yang pedas.
Mouri Shiro sebagai produser dari game ini sempat bercerita kalau Miyamoto berkata kalau desain Mario Gajah tidak terlihat seperti tokoh dari game Mario.
Dari Mouri juga diketahui kalau Miyamoto sempat berkomentar tentang cara Mario Gajah menyemprotkan air yang dirasa aneh.