Tidak adanya sistem anti-cheat yang mumpuni membuat Master Duel menjadi target yang empuk, sampai-sampai kartu yang seharusnya dibanned bisa digunakan dalam mode ranked! Bahkan, cheat tersebut memiliki opsi tambahan lainnya!
Dari isu optimisasi menuju cheat, Master Duel hingga saat ini masih dihinggapi begitu banyak masalah. Padahal, jika dilihat dari luar saja, gim adu kartu ini memiliki mekanika permainan yang sangat seru dan nagih!
Sayangnya, keseruan itu hanya bertahan sementara saja. Sebelumnya, sudah ada cheat yang memaksa pemain untuk surrender yang padahal pemain tersebut sama sekali tidak menekan tombol apapun! Isu ini akhirnya dibenah, namun masih ada masalah lagi.
Banlist yang dikenal dengan sistem forbidden dan limited digunakan agar permainan berjalan dengan lebih seimbang. Sayangnya, oknum tertentu menemukan cara untuk menggunakan kartu yang imba ini dalam mode ranked.